Oligo-dimer analysis

DNA 혼합염기는 실제 서열로 전수 확장합니다. 같은 primer의 Self에는 서로 다른 variant의 교차 결합도 포함합니다. 최저 점수는 가능한 후보이며 발생확률이 아닙니다. 입력한 서열은 자동 저장·외부 전송하지 않습니다.

IDT 관측값 대조 모델은 공식 내부 알고리즘이 아닌 독립 로컬 계산입니다. 각 역평행 정렬의 최저 에너지 연속 구간에 Breslauer propagation ΔG25를 적용합니다. 실선은 에너지 구간, 점선은 추가 상보 결합입니다. 염·loop·시작 보정을 합산하지 않습니다. 붉은 경고는 반올림 전 ΔG ≤ −9이며, 그보다 약한 3′ 말단 연속 3 bp는 별도 주의 표시입니다. 필터 공란은 검출 구조 전체이며 원계산은 유지합니다. 표시할 구조가 0개인 조합은 목록과 복사에서 제외합니다.

Thermo는 optimal sensitivity 3의 원본 검출·정렬 도식만 표시합니다. 추가 cut-off·ΔG·−9 경고·3′ 보충 검출을 적용하지 않습니다. 혼합염기 결과는 실제 서열 확장 후의 로컬 분석이며 vendor의 혼합문자 입력 결과와 동일하다고 주장하지 않습니다.

Polydimer는 기본 선택하지 않는 탐색 분석입니다. 전체/각 구간 모두≤−9/약한·혼합 범주와 선택적 점수 합 검색 필터를 분석 후 조절하며 기본은 전체 범주·검색 제한 없음입니다. 점수 합은 후보 정렬/검색용이고 각 구간≤−9도 안정성·협동성의 판정 기준이 아닙니다. 세 실제 분자 사이의 두 연속 상보 결합 구간(각 2 bp 이상)을 비겹치게 배치한 후보입니다. 같은 primer의 반복 분자도 포함하고, 겹침을 피한 짧은 구간과 대체 정렬도 탐색합니다. 두 구간이 각각 −9 이하인 경우와 약한 구간이 포함된 경우를 구분합니다. 구간 점수 합에는 가닥 결합 비용·loop·접합부·대칭 보정이 없으며 실제 복합체 ΔG가 아닙니다. 고리형 세 접촉·hairpin 경쟁·4가닥 이상·3D 구조·평형 농도·실제 증폭은 평가하지 않습니다.

지원 예산은 primer당 실제 서열 1,024개, Self/Hetero 합계 탐색 가중치 5천만·예상 정렬 행 25만입니다. Polydimer는 가닥당 60 nt까지 지원합니다. 예상 조합 수·작업량은 경고로 안내하며 경고 확인 후 진행할 수 있습니다. 비겹침 구간을 정렬·검색하고, 실행 시간 30초 또는 계산 자료의 추정 보관량 128 MiB에 도달하면 미완료로 중단합니다. 추정 보관량은 계산 자료의 관리값이며 브라우저 전체 메모리 실측이 아닙니다. 이는 이 도구의 자원 관리 기준이며 생물학적 기준이나 모든 기기의 시간 보장이 아닙니다. 상한 도달·사용자 제외는 구조 없음과 구분합니다.

일반 DNA 기준값과 혼합염기·표시·범위 선택을 합성 사례로 확인했습니다. 모든 서열의 vendor 완전 일치·임상/실험 성능 검증은 아닙니다.

IDT OligoAnalyzer · Thermo Multiple Primer Analyzer