Oligo-dimer analysis

입력과 분석 범위

이름·서열 두 열 또는 FASTA를 5′→3′ 방향으로 입력합니다. 일반 DNA와 IUPAC 혼합염기 R/Y/S/W/K/M/B/D/H/V/N을 지원하며 최대20종·각3–200nt입니다. U·RNA·수정염기는 오류로 안내합니다. 혼합염기는 대문자를 사용하며 rACG·dACG·mACG 같은 RNA·수정 재질 표기는 차단합니다. 혼합염기는 실제 서열로 전수 확장하고 같은 primer의 서로 다른 변이 사이 Self-dimer도 포함합니다. 결과는 가능한 후보이며 발생확률을 뜻하지 않습니다.

계산 전 Self/Hetero와 대상 primer를 선택합니다. Polydimer는 기본 해제된 탐색 분석으로 필요할 때 선택합니다. 작업량 경고 후 계속하거나 Polydimer 제외·대상 축소를 선택할 수 있습니다. primer당1,024실제서열·Self/Hetero 작업가중치5천만·예상정렬25만의 지원 상한이 있습니다. Polydimer는60nt까지, 실행30초 또는 계산자료 추정 보관량128MiB에서 미완료로 중단하고 부분 후보를 출력하지 않습니다. 완료된 dimer는 유지하며 미실행·미완료·검출 없음은 구별합니다. 계산 중 취소할 수 있습니다.

두 분석 방식

IDT 관측값 대조 모델은 공식 내부 알고리즘이 아닌 독립 로컬 계산입니다. 역평행 정렬별 최저 에너지 연속 구간에 Breslauer propagation ΔG25를 적용하는 로컬 계산입니다. 염·loop·시작 보정을 합산하지 않습니다. 기본 표시는 ΔG≤−9kcal/mol 또는 실제3′말단부터 연속3bp 이상이며 분석 후 cut-off를 조절하거나 공란으로 전체를 볼 수 있습니다. 붉은 경고는 IDT 권고를 참고한 반올림 전 ΔG≤−9입니다. 3′연속3bp는 사용자 요청에 따른 로컬 보조 조건으로 IDT 공식 수치 기준이 아닙니다. 약한3′말단 결합은 별도 주의입니다. 표시 구조0개 조합은 제외합니다.

Thermo는 optimal sensitivity3 고정의 검출·정렬 도식만 표시합니다. 추가 cut-off·ΔG·−9경고·3′보충 검출은 적용하지 않습니다. 혼합염기 전수 확장 결과가 vendor의 혼합문자 입력 결과와 동일하다고 보장하지 않습니다.

Polydimer · 탐색적 3분자 결합 후보

3개의 실제 분자 사이 두 연속 상보 구간을 동일 염기의 중복 점유 없이 배치한 후보입니다. 반복 primer 분자·짧은 부분 구간·대체 정렬을 포함하고 각 구간 강함/개별 약함·혼합별 최저 점수를 요약합니다. 분석 후 전체/각 구간 모두≤−9/약한·혼합 범주를 선택할 수 있으며 약한 후보도 보존합니다. 기본은 전체 범주·점수 검색 제한 없음입니다. 선택적 점수 합 검색 필터는 정렬과 후보 검색용입니다. 점수 합은 실제 복합체 ΔG가 아닙니다. 각 구간≤−9도 복합체 안정성·협동성·형성량을 판정하는 기준이 아닙니다. loop·접합부·가닥 결합 비용·평형·3D·고리형 세 접촉·hairpin 경쟁·4가닥 이상은 평가하지 않습니다.

복사와 버전

선택 조합 또는 현재 표시 결과 전체를 Excel용 HTML과 일반 텍스트로 복사합니다. 본문은 맑은 고딕9pt, 서열·결합 도식은 Courier New9pt입니다. 결합 도식은 같은 열의 연속3행으로 전달하며 복사 성공 안내가 버튼 옆에 표시됩니다. TXT 저장도 제공합니다. 입력·필터 변경 후 이전 결과의 복사는 차단합니다.

도구

v0.2.1

확인일

2026-10-10

처리 위치

브라우저 메모리·Worker. 입력 자동 저장·외부 전송 없음.

합성 IDT16사례176구조·Thermo91서열쌍44구조의 기존 관측 기준과 혼합염기·표시·비겹침 후보·Chrome 화면/클립보드 회귀를 확인했습니다. Excel 붙여넣기는 사용자 정상 확인이 있으며 모든 버전의 Excel/브라우저나 실제 증폭 성능을 검증한 것은 아닙니다. 일반 Tm·혼합 TmExtreme·Oligo profile·Hairpin/Mismatch 계산기는 포함하지 않습니다. 모든 서열의 vendor 완전 일치를 보장하지 않습니다.